Le nom « Mexique » vient de la langue aztèque et signifie « lieu de Mexitli », le fameux Mexitli étant un Dieu Aztèque. Essentiellement montagneux, le Nouveau Mexique est dominé par le Wheeler Peak (4011 m) qui est situé dans les Sangre de Cristo Mountains. La ville de Sante Fe est elle-même lovée à 2100 mètres d’altitude, ce qui en fait la plus haute capitale d’État aux USA. On retrouve cette altitude essentiellement au Sud et à l’Ouest avec quelques chaînes majeures dont les Sacramento Mountains, dominées par le Sierra Blanca Peak (3659 m), et les San Andres Mounts, dominés par le Salinas Peak (2733 m). Au Nord-Ouest, le plateau du Colorado est marqué par l’érosion tandis qu’à l’Est, on retrouve les hautes plaines de l’ouest du Texas. Cette vaste mesa est appelée « Llano Estacado ».

L’état est traversé du Nord au Sud et scindé en deux par la vallée du Rio Grande, célèbre fleuve de 3060 km de longueur. Le Rio Pecos, la Canadian River, le San Juan et la Gila sont les autres cours d’eau majeurs de la région. Le Nouveau Mexique a la particularité d’être traversé par une ligne de crêtes du Nord au Sud, donnant aux cours d’eau leur direction future. À l’Est de cette démarcation, les fleuves coulent vers l’Atlantique tandis qu’à l’Ouest, ils se déversent ou se dirigent vers l’océan Pacifique.